Organisée depuis la saison 1994-1995, la Coupe Nationale Futsal - Trophée Michel Muffat-Joly est ouverte à tous les clubs à statut amateur ou indépendant régulièrement affiliés à la FFF, ainsi que les sections amateures des clubs professionnels, sous réserve de leur acceptation par leur ligue d’appartenance et à raison d’une seule équipe par club. 

Elle se dispute en 2 phases :

• l’épreuve éliminatoire organisée par chaque Ligue régionale,
• la compétition propre (comprenant 6 journées), aux dates fixées au calendrier général.