Lors de la première phase, les équipes se rencontrent au sein de chaque groupe en matchs aller-retour, pour un total de 26 journées. Les deux premiers de chaque groupe sont qualifiés pour la phase finale dont le système est arrêté avant chaque saison par le Bureau exécutif de la Ligue du Football Amateur sur proposition de la Commission fédérale des Pratiques Jeunes et Préformation. Depuis 2015, tous les clubs qualifiés en Ligue des Champions ainsi que le vainqueur du Championnat de France U19 sont qualifiés, la saison suivante, pour la Youth League, compétition jeunes UEFA équivalent à la Ligue des Champions.